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#$Id: analyzePage.py 287 2017-01-14 16:48:16Z sarkiss $ 

"""AnalyzePage.py contains the following classes. 

""" 

import wx, os, sys 

from wx.lib.buttons import ThemedGenBitmapTextButton 

from time import strftime 

from AutoDockTools.Docking import Docking 

from icons import table_savePNG, database_savePNG 

ID_SAVE_CSV = wx.NewId() 

ID_SAVE_SDF = wx.NewId() 

import enthought 

import pybel, openbabel 

from traitedBabel import openbabelAutoDockParameters 

class Analyze(wx.Panel): 

    def __init__(self, parent): 

        wx.Panel.__init__(self, parent, -1) 

        mainSizer = wx.BoxSizer() 

        conformations = Conformations() 

        self.conformations = conformations 

        self.dockings = {} 

        self.conformation = None 

        view = conformations.View(self) 

        grid = view.ui(conformations, self, kind='subpanel') 

        self.grid = grid 

        self.Bind(wx.EVT_SHOW, self.SetActive) 

        self.frame = self.TopLevelParent 

        #conformations.table_editor.editable = False 

        #remove sizer. See enthought/traits/ui/wx/table_editor.TableEditor._create_toolbar 

        #grid.control.Children[0].Children[0].Sizer.Children[0].GetSizer().Remove(0) 

        #this part is needed to add tooltip 

        if sys.version_info[0] == 2 and sys.version_info[1] == 5: 

            self.wxgrid = grid.control.Children[0].Children[0].Children[4] 

        else: 

            self.wxgrid = grid.control.Children[0].Children[0].Children[2] 

        self.wxgrid.SetMinSize((0,0)) 

        wx.EVT_MOTION(self.wxgrid.Children[1], self.OnMouseMotion) 

        self.wxgrid.Bind(wx.grid.EVT_GRID_LABEL_LEFT_CLICK, self._on_label_left_click) 

        self.prev_col = None 

        self.editor = grid._editors[0] 

        self.editor.toolbar.control.AddLabelTool(ID_SAVE_CSV, "ID_SAVE_CSV", table_savePNG, shortHelp="Save as Comma-Separated Values (CSV)") 

        self.Bind(wx.EVT_TOOL, self.OnSaveCSV, id=ID_SAVE_CSV) 

        self.editor.toolbar.control.AddLabelTool(ID_SAVE_SDF, "Save as SDF", database_savePNG, shortHelp="Save as SDF (Structure Data Format).\nStores structures and Binding Affinity.") 

        self.Bind(wx.EVT_TOOL, self.OnSaveSDF, id=ID_SAVE_SDF) 

        self.wxgrid.Bind(wx.grid.EVT_GRID_CELL_RIGHT_CLICK, self.OnRightUp) 

        mainSizer.Add(grid.control, 1, wx.EXPAND) 

        self.SetSizer(mainSizer) 

        mainSizer.SetSizeHints(self) 

        self.editor.toolbar.control.Realize() 

        self.list = [] 

    def _on_label_left_click(self, evt): 

        row, col = evt.GetRow(), evt.GetCol() 

        # A row value of -1 means this click happened on a column. 

        # vice versa, a col value of -1 means a row click. 

        if row == -1: 

            self.grid._editors[0].grid._column_sort( col ) 

    def AddDocking(self, filename, updateTable=True): 

        docking = Docking() 

        docking.readDlg(filename) 

        if not docking.ch.conformations: 

            self.frame.log.error("No docked conformation found in "+filename+"\n Please open that dlg file with a text editor to find out why.") 

            return 

        name =  os.path.splitext(os.path.split(filename)[1])[0] 

        molName = docking.ligMol.name = os.path.split(docking.ligMol.name)[1] 

        #self.frame.molNav.AddMolecule(docking.ligMol, resetCamera=False) 

        targetName = os.path.splitext(os.path.split(docking.dlo_list[0].macroFile)[1])[0] 

        self.dockings[name] = docking 

        if name in self.frame.molNav.moleculesNames: 

            index = self.frame.molNav.moleculesNames.index(name) 

            try: 

                self.frame.molNav.Remove(index) 

            except Exception,e: 

                print str(e) 

        tmpList = []#without tmpList self.conformations update takes too long 

        binding_energy = sys.maxint 

        for index, conformation in enumerate(docking.ch.conformations): 

            conf = Conformation(name = name, 

      #                          ki = conformation.inhib_constant, 

                                intermol_energy = conformation.intermol_energy, 

                                internal_energy = conformation.total_internal, 

                                torsional_energy = conformation.torsional_energy, 

                                binding_energy = conformation.binding_energy, 

                                unbound_energy = conformation.unbound_energy, 

                                rmsd = conformation.refRMS, 

                                index = index 

                                ) 

            if conformation.binding_energy < binding_energy: 

                binding_energy = conformation.binding_energy 

                unbound_energy = conformation.unbound_energy 

            tmpList.append(conf) 

        if updateTable: 

            self.conformations.items.extend(tmpList) 

        else: 

            self.list.extend(tmpList) 

        args = (molName, targetName, binding_energy, unbound_energy, 

                strftime("%Y.%m.%d %H:%M:%S"), "Autodock "+str(docking.version)) 

        if not hasattr(self.frame.dbView, 'resultsTable'): 

            self.frame.dbView.Activate(None, showProgress=False) 

        self.frame.dbView.resultsTable.AddItem(args) 

        return True 

        #self.frame.view.SetSelection(self.frame.view.GetPageIndex(self.frame.canvas3D)) 

    def SetActive(self, event): 

        "This method is bound to wx.EVT_SHOW, i.e., invoked when this page is shown" 

        if self.frame.statusBar: 

            self.frame.statusBar.SetStatusText('', 0) 

        #self.grid.control.Children[0].Children[0].Children[0].SetPosition((0,0))         

    def OnSelect(self, conformation): 

        "Updates conformation of the ligand" 

        if not conformation: 

            return 

        else: 

            self.conformation = conformation 

        name = conformation.name 

        if name in self.frame.molNav.moleculesNames: 

            self.frame.molNav.UpdateConformation(self.dockings[name].ligMol, self.dockings[name].ch.conformations[conformation.index]) 

        else: 

            molecule = self.dockings[name].ligMol 

            aName = molecule.name 

            molecule.name = name 

            molecule.buildBondsByDistance() 

            #self.frame.molNav.AddBonds(molecule, aName, force=True)                 

            self.frame.molNav.ext = 'PDBQT' 

            self.frame.molNav.AddMolecule(molecule, resetCamera=False) 

            self.conformation = conformation 

            self.frame.molNav.UpdateConformation(self.dockings[name].ligMol, self.dockings[name].ch.conformations[conformation.index]) 

            self.frame.view.SetSelection(self.frame.view.GetPageIndex(self.frame.canvas3D)) 

            self.wxgrid.SetFocus() #otherwise can't scroll pass next molecule using down arrow on keyboard. 

    def Clear(self, event=None): 

        self.conformations.items = [] 

        self.dockings = {} 

    def OnMouseMotion(self, event): 

        "Modified from http://wiki.wxpython.org/wxGrid_ToolTips" 

        x, y = self.wxgrid.CalcUnscrolledPosition(event.GetPosition()) 

        col = self.wxgrid.XToCol(x) 

        if col != self.prev_col and col >= 0: 

            self.prev_col = col 

            hinttext = '' 

            if col == 1: 

                hinttext = 'Estimated Free Energy of Binding' 

            elif col == 2: 

                hinttext = 'Final Intermolecular Energy = vdW + Hbond + desolv Energy + Electrostatic Energy ' 

            elif col == 3: 

                hinttext = 'Final Total Internal Energy' 

            elif col == 4: 

                hinttext = "Unbound System's Energy" 

            elif col == 5: 

                hinttext = "RMSD from Reference Structure" 

            self.wxgrid.Children[1].SetToolTipString(hinttext) 

        event.Skip() 

    def OnRightUp(self, event): 

        self.editor.set_selection(self.conformations.items[event.Row]) 

        menu = wx.Menu() 

        saveComplexAsMenu = menu.Append(wx.ID_ANY, "Save Docked Complex as PDB ...") 

        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnSaveComplex, saveComplexAsMenu) 

        menu.AppendSeparator() 

        showHistogramMenu = menu.Append(wx.ID_ANY, "Create Clustering Histogram") 

        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.showHistogram, showHistogramMenu) 

        menu.AppendSeparator() 

        DelMenu = menu.Append(wx.ID_ANY, "Delete All") 

        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.Clear,  DelMenu) 

        self.PopupMenu(menu) 

    def showHistogram(self, event): 

        docking = self.dockings[self.editor.selected_row.name] 

        try: 

            rms = docking.clusterer.clustering_dict.keys()[0] 

        except Exception, inst: 

            self.frame.log.error("Error in showHistogram:\n"+str(inst)) 

        clusters = docking.clusterer.clustering_dict[rms] 

        x = [] 

        y = [] 

        for item in clusters: 

            energy = item[0].binding_energy 

            x.append(energy) 

            y.append(len(item)) 

        titleTxt = "Clustering (rms = "+str(rms)+")" 

        width = 0.05 

        if len(x) > 1: 

            width = (x[1] - x[0])/10. 

            if width < 0.05: 

                width = 0.05 

        page = self.frame.matplot.add(self.conformation.name) 

        axes = page.figure.gca() 

        axes.bar(x,y, width=width, picker=True) 

        axes.set_title(titleTxt) 

        axes.set_ylabel("Conformations") 

        axes.set_xlabel("Energy") 

        self.frame.view.SetSelection(self.frame.view.GetPageIndex(self.frame.matplot)) 

        if self.frame.matplot.firstPlot: 

            self.frame.matplot.nb.DeletePage(0) 

            index = self.frame.view.GetPageIndex(self.frame.matplot) 

            self.frame.view.Split(index,1) 

            self.frame.matplot.firstPlot = False 

        page.canvas.mpl_connect('pick_event', self.OnPick) 

        page.canvas.clusters = clusters 

    def OnPick(self, event): 

        energy = event.artist.get_x() 

        clusters = event.canvas.clusters 

        name = clusters[0][0].mol.name 

        selectedCluster = None 

        for cluster in clusters: 

            if cluster[0].binding_energy == energy: 

                selectedCluster = cluster 

        for item in self.conformations.items: 

            if item.name == name and item.binding_energy == selectedCluster[0].binding_energy: 

                selectConformation = item 

                break 

        self.editor.set_selection(selectConformation) 

        index = self.conformations.items.index(selectConformation) 

        self.wxgrid.MakeCellVisible(index, 0) 

    def OnSaveCSV(self, event): 

        dlg = wx.FileDialog(self, "Save as CVS", os.getcwd(), "", 

                            "Comma Separated Values (*.csv)|*.csv", 

                            style=wx.SAVE) 

        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK: 

            fileName = dlg.GetPath() 

            if fileName[-3:].lower() != 'csv': 

                fileName = fileName +".csv" 

            if os.path.exists(fileName): 

                dlg1 = wx.MessageDialog(self, fileName +" already exists. Overwrite File?", 

                                       'Overwrite File?', 

                                       wx.YES_NO | wx.ICON_INFORMATION 

                                       ) 

                if dlg1.ShowModal() != wx.ID_YES: 

                    dlg1.Destroy() 

                    dlg.Destroy() 

                    return 

            outFile = open(fileName, 'w') 

            outFile.write('Ligand,Binding Energy,Intermol Energy,Internal Energy,Torsional Energy,Unbound Energy,RMSD\n') 

            for item in self.conformations.items: 

                txt = item.name +","+str(item.binding_energy)+","+str(item.intermol_energy)+","+str(item.internal_energy)+\ 

                                ","+str(item.torsional_energy)+","+str(item.unbound_energy)+","+str(item.rmsd) 

                outFile.write(txt+"\n") 

            outFile.close() 

        dlg.Destroy() 

    def OnSaveComplex(self, event): 

        "Saves docked ligand and macromolecule complex as pdb" 

        conformation = self.editor.selected_row 

        last_saveComplexFolder = self.frame.wxcfg.Read("last_saveComplexFolder") 

        dlg = wx.FileDialog(self, "Save Docked Complex as PDB", last_saveComplexFolder, "", 

                            "PDB Format (*.pdb)|*.pdb", 

                            style=wx.SAVE) 

        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK: 

            fileName = dlg.GetPath() 

            if fileName[-3:].lower() != 'pdb': 

                fileName = fileName +".pdb" 

            if os.path.exists(fileName): 

                dlg1 = wx.MessageDialog(self, fileName +" already exists. Overwrite File?", 

                                       'Overwrite File?', 

                                       wx.YES_NO | wx.ICON_INFORMATION 

                                       ) 

                if dlg1.ShowModal() != wx.ID_YES: 

                    dlg1.Destroy() 

                    dlg.Destroy() 

                    return 

            self.frame.wxcfg.Write("last_saveComplexFolder", os.path.split(fileName)[0]) 

            from MolKit.pdbWriter import PdbWriter 

            writer = PdbWriter() 

            writer.write(fileName, self.dockings[conformation.name].ligMol, records=['ATOM', 'HETATM', 'CONECT']) 

            #get macromolecule's path 

            macroFile = self.dockings[conformation.name].dlo_list[0].macroFile 

            head = os.path.split(os.path.split(self.dockings[conformation.name].dlo_list[0].filename)[0])[0] 

            receptorPath = os.path.join(head, os.path.basename(macroFile)) 

            mol = self.frame.pmv.mv.readMolecule(receptorPath) 

            writer = PdbWriter() 

            writer.write("pyrx_tmpfile.pdb", mol, records=['ATOM', 'HETATM']) 

            compexFile = open(fileName,'a') 

            txt = open("pyrx_tmpfile.pdb").read() 

            compexFile.write(txt) 

            compexFile.close() 

            os.remove("pyrx_tmpfile.pdb") 

        dlg.Destroy() 

    def OnSaveSDF(self, event): 

        if not self.conformations.items: 

            dlg = wx.MessageDialog(self, 'Results table is empty. Please insert new items.', 

                                   'A Message Box', 

                                   wx.OK | wx.ICON_INFORMATION 

                                   ) 

            dlg.ShowModal() 

            dlg.Destroy() 

            return 

        last_saveSDFFolder = self.frame.wxcfg.Read("last_saveSDFFolder") 

        dlg = wx.FileDialog(self, "Save as SDF", last_saveSDFFolder, "", 

                            "Structure Data Format (*.sdf)|*.sdf", 

                            style=wx.SAVE) 

        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK: 

            fileName = dlg.GetPath() 

            if fileName[-3:].lower() != 'sdf': 

                fileName = fileName +".sdf" 

            if os.path.exists(fileName): 

                dlg1 = wx.MessageDialog(self, fileName +" already exists. Overwrite File?", 

                                       'Overwrite File?', 

                                       wx.YES_NO | wx.ICON_INFORMATION 

                                       ) 

                if dlg1.ShowModal() != wx.ID_YES: 

                    dlg1.Destroy() 

                    dlg.Destroy() 

                    return 

            self.frame.wxcfg.Write("last_saveSDFFolder", os.path.split(fileName)[0]) 

            outputfile = pybel.Outputfile("sdf",  str(fileName), overwrite=True) 

            if openbabelAutoDockParameters.numberOfPoses == 0: 

                for item in self.conformations.items: 

                    self.dockings[item.name].ch.conformations[item.index].coords 

                    mol = self.frame.openBabel.ConvertToOB_withCoords(self.dockings[item.name].ligMol, 

                                                                      self.dockings[item.name].ch.conformations[item.index].coords) 

                    pairdata = openbabel.OBPairData() 

                    pairdata.SetAttribute("Binding_Energy") 

                    pairdata.SetValue(str(item.binding_energy)) 

                    mol.CloneData(pairdata) 

                    mol.SetTitle(str(item.name+"_"+str(item.index))) 

                    outputfile.write(pybel.Molecule(mol)) 

            else: 

                self.conformations.items.sort(key=lambda x: x.binding_energy) 

                for item in self.conformations.items[0:openbabelAutoDockParameters.numberOfPoses]: 

                    self.dockings[item.name].ch.conformations[item.index].coords 

                    mol = self.frame.openBabel.ConvertToOB_withCoords(self.dockings[item.name].ligMol, 

                                                                      self.dockings[item.name].ch.conformations[item.index].coords) 

                    pairdata = openbabel.OBPairData() 

                    pairdata.SetAttribute("Binding_Energy") 

                    pairdata.SetValue(str(item.binding_energy)) 

                    mol.CloneData(pairdata) 

                    mol.SetTitle(str(item.name+"_"+str(item.index))) 

                    outputfile.write(pybel.Molecule(mol)) 

            outputfile.close() 

        dlg.Destroy() 

    def Open(self, event=None): 

        last_dlgFolder = self.frame.wxcfg.Read("last_dlgFolder") 

        test = None 

        dlg = wx.FileDialog(self, "Choose Docking Log File", last_dlgFolder, '', 

                            "Docking Log File (*.dlg)|*.dlg", wx.OPEN) 

        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK: 

            filename = dlg.GetPath() 

            test = self.frame.TryCommand(self.AddDocking, filename) 

            self.frame.wxcfg.Write("last_dlgFolder", os.path.split(filename)[0]) 

        dlg.Destroy() 

        if test: 

            self.frame.controls.SetSelection(self.frame.controls.GetPageIndex(self.frame.autodockWiz)) 

            self.frame.autodockWiz.book.Selection = 4 

from enthought.traits.ui.api import View, Group, Item, TableEditor 

from enthought.traits.api import HasTraits, HasStrictTraits, Str, Int, Float, List 

from enthought.traits.ui.table_column import ObjectColumn 

from enthought.traits.ui.table_filter import EvalFilterTemplate, MenuFilterTemplate, \ 

                                             RuleFilterTemplate, RuleTableFilter, MenuTableFilter 

class Conformation(HasTraits): 

    name = Str 

    binding_energy = Float 

    #ki = Float 

    intermol_energy = Float 

    internal_energy = Float 

    torsional_energy = Float 

    docking_energy = float 

    unbound_energy = float 

    rmsd = float 

    index = Int #this index to becouse multiple dockings can be merged in single Conformations 

class Conformations(HasTraits): 

    items = List(Conformation) 

    def View(self, parent): 

        "on_add_new is called to add new element" 

        def my_row_factory(**kw): 

            parent.Open() 

            return None 

        FilterTemplate = MenuTableFilter(name='No filter', template=True,) 

        table_editor = TableEditor( 

            columns = [ ObjectColumn(name='name', editable = False, label='Ligand'), 

     #                   ObjectColumn(name='ki', label='Ki (mM)'), 

                        ObjectColumn(name='binding_energy', label='Binding Energy (kcal/mol)=(1)+(2)+(3)-(4)', editable = False), 

                        ObjectColumn(name='intermol_energy', label='(1) Intermol Energy', editable = False), 

                        ObjectColumn(name='internal_energy', label='(2) Internal Energy', editable = False), 

                        ObjectColumn(name='torsional_energy', label='(3) Torsional Energy', editable = False), 

                        ObjectColumn(name='unbound_energy', label='(4) Unbound Energy', editable = False), 

                        ObjectColumn(name='rmsd', label='RMSD', editable = False), 

                        ], 

            reorderable = False, 

            sort_model  = True, 

            auto_size = False, 

            on_select = parent.OnSelect, 

            editable = True, 

            show_toolbar = True, 

            row_factory = my_row_factory, 

            filters     = [FilterTemplate] , 

            deletable = True, 

        ) 

        self.table_editor = table_editor 

        return View( 

                    Group( Item( 'items', 

                            show_label  = False, 

                            editor      = table_editor 

                                ), 

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