Coverage for PyRx.hbonds : 47%

import vtk, wx 

from enthought import tvtk 

def show_h_bonds(frame, molecule1, molecule2): 

    "This function is to show hydrogen bonds" 

    hbondDict = frame.pmv.mv.buildHBonds(molecule1, molecule2) 

    if not hbondDict: 

        print molecule1.name, molecule2.name 

        frame.statusBar.SetStatusText("No hydrogen bond found between %s and %s."%(molecule1.name, molecule2.name), 0) 

        return 

    hbondData = vtk.vtkAppendPolyData() 

    for hydrogen in hbondDict: 

        for item in hbondDict[hydrogen]: 

            line=vtk.vtkLineSource() 

            line.SetPoint1(hydrogen.coords) 

            line.SetPoint2(item.coords) 

            hbondData.AddInput(line.GetOutput()) 

    hbondsMapper = vtk.vtkPolyDataMapper() 

    hbondsMapper.SetInput(hbondData.GetOutput()) 

    hbondsActor = vtk.vtkActor() 

    hbondsActor.SetMapper(hbondsMapper) 

    hbondsActor.GetProperty().SetColor(0,1,0) 

    hbondsActor.GetProperty().SetLineStipplePattern(0xf0f0) 

    hbondsActor.GetProperty().SetLineStippleRepeatFactor(1) 

    hbondsActor.GetProperty().SetPointSize(1) 

    hbondsActor.GetProperty().SetLineWidth(1.5) 

    if molecule1 == molecule2: 

        molecule1.allAtoms[0].assembly.AddPart(hbondsActor) 

        molecule1.hbondsActor = hbondsActor 

    else: 

        if not hasattr(frame, 'hbonds'): 

            assembly = vtk.vtkAssembly() 

            frame.renderer3D.AddActor(assembly) 

            frame.hbonds = assembly 

        frame.hbonds.AddPart(hbondsActor) 

def toggle_hbonds(event): 

    "This function is called from the toolbar to toggle hydrogen bonds" 

    frame = wx.GetTopLevelWindows()[0] 

    molecules = frame.molecules 

    if len(molecules) == 0: 

        dlg = wx.MessageDialog(frame, 'This tool requires at least one molecule to work with.', 

                               'Please Read a Molecule First', wx.OK | wx.ICON_INFORMATION) 

        dlg.ShowModal() 

        dlg.Destroy() 

        event.EventObject.ToggleTool(event.Id, 0) 

    elif len(molecules) == 1: 

        if event.Checked(): 

            show_h_bonds(frame, molecules[0], molecules[0]) 

        else: 

            molecules[0].hbondsActor.SetVisibility(False) 

            frame.mayaviEngine.scene.render() 

    else: 

        if event.Checked(): 

            for i, molecule1 in enumerate(molecules): 

                 for molecule2 in  molecules[i+1:]: 

                     show_h_bonds(frame, molecule1, molecule2) 

            frame.mayaviEngine.scene.render() 

        else: 

            frame.renderer3D.RemoveActor(frame.hbonds) 

            del frame.hbonds 

            frame.mayaviEngine.scene.render()